cPanel, yalnızca CentOS işletim sistemi üzerinde kullanılabilir. cPanel, CentOS Linux işletim sistemini temel alır ve bu nedenle CentOS dışındaki işletim sistemlerinde çalışmaz. CentOS, özellikle web hosting sunucuları için popüler bir seçenek olarak kullanılır ve cPanel, bu işletim sistemi üzerinde düzgün çalışacak şekilde tasarlanmıştır.
Özellikle cPanel için tasarlanmış ve optimize edilmiş bir işletim sistemi olan "cPanel & WHM OS" adlı CentOS tabanlı bir dağıtım bulunmaktadır. Bu özelleştirilmiş CentOS sürümü, cPanel ve WHM'yi en iyi performansla çalıştırmak için önceden yapılandırılmıştır.
cPanel'i kullanmak istiyorsanız, web hosting sağlayıcınızın sunduğu hizmeti veya kiraladığınız sunucunun işletim sistemini kontrol ederek CentOS tabanlı bir işletim sistemi seçmeniz gerekecektir.